生物工程实验室建于2006年，实验室共15间，其中博士工作室1间、创新实验室1间、预备室2间，面积约928平方米。实验室主要承担生物工程专业的实验教学任务和教师科研工作。承担实验课程有：微生物与遗传育种实验、生物化学与分子生物学实验、细胞生物学与遗传学实验、食用菌学实验、生物工程下游技术实验、基因工程实验、细胞工程实验、发酵工程实验、酶工程技术、生物制药工程技术、食品检验标准与方法实践等十多门,实验项目近70个。实验室同时可接纳学生312人，年承担实验人时数约16000人时。
实验室现有专职教师9名，教授2名，高级工程师1名，副教授2名，高级实验师1名，实验师1名。教师在国内外刊物上发表论文20余篇，其中被SCI收录1篇，承担了十多项湖北省教育厅、武汉市教育局和校级课题，其中“箬叶类黄酮的提取工艺及应用”为2013年湖北省自然科学基金计划面上项目；“板栗壳原花青素的提取工艺优化及抑菌性研究”为省教育厅2015年度科研计划指导性项目。大学生化学（化工）学术创新成果报告会三等奖4项，全国大学生节能减排全国二等奖1项，三等奖2项。
主要的仪器设备有：高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、荧光分光光度计、全自动扫描紫外可见分光光度计、高速冷冻离心机、倒置显微镜、荧光显微镜、自动菌落计数仪、梯度PCR仪、自动机械搅拌发酵罐、家用啤酒发酵设备、超声提取机、冷冻干燥机等。
